bacteria51Mikroorganizmalar hayatımızda önemli bir yer tutuyor. Özellikle bakteri, mantar ve virüsler başlıca enfeksiyon etmenleri. Bakterilerin oluşturduğu hastalıkların özgül, güvenilir ve hızlı teşhis edilmeleri tedavi için önemli. Ancak, buradaki özgüllük çok kritik bir nokta: bir “patojeni” organizma üzerindeki diğer bakterilerden mutlak şekilde ayırabiliyormuyuz? Mikrobiyoloji laboratuvarlarında kullanılan tanı teknikleri yoğun çalışma gerektiren zaman alıcı yöntemlerdir. Örneğin yağ asidi analizlerinde öncelikle bakteri kültürünün saflaştırılması gerekir. En rutin uygulama seçici veya yarı-seçici besiyerlerinde bakterileri üretmekdir. Bu durumda birden fazla bakteri türünün üreme olasılığı vardır. Hızlı bir şekilde karışık bir bakteri populasyonundaki patojeni belirlemenin bir diğer yolu da immünolojik yöntemlerdir: aglütinasyon , enzime-bağlı immünosorbant belirlemesi (ELISA) yada immünofloresans (IF) gibi.
Tüm yoğun emek gerektiren çalışmaların yerini uzunca bir süredir PCR-a dayalı genotipik yöntemler almış durumda. Burada eski yöntemler terkedildi diyemeyiz, onlar da yine kullanılıyor fakat PCR tanıda son noktayı koyuyor. İÜ’deki laboratuvarımızda da karşılaştığımız bir durum önceden biyokimyasal olarak tanımlanmış izolatların nadir de olsa PCR negatif çıkabildikleri.
PCR’a dayalı teşhisin temeli doğrudan bakteri genomunun kullanılması. Böylece yöntem beslenme, ısı, kültür yaşı ve patojenin fizyolojik durumu gibi bir çok çevresel faktörden etkilenmiyor. Tür seviyesindeki teşhislerde Ribozomal DNA genlerinin (bakterilerde 16S rRNA) çoğaltımı yapılır. Diğer bir deyimle rRNA operonuna ilişkin bir seri PCR ve kesim çalışmaları bize elimizdeki izolatın tam olarak türünü verebilecek güçtedir. Son zamanlarda bakterilerde alttür ve patovar çeşitliliği de incelenebilmektedir. Bu konuda REP, ERIC, BOX dizilerini ve IS50 insersiyon elementlerini önerebilirim. Bunlar patovar içi çeşitliği görmemizi yada farklı ortamlardan gelen patovarları ayırmamızı sağlayabilir. Yakın bir gelecekte bakteri teşhisinde sadece genotipe dayalı yöntemlerin kullanacağını öngörebiliriz.

Advertisements