SSAP (Sequential structure alignment program):  Atom-atom vektörlerini kullanan, dinamik bir yapılandırma programı. Bu program CATH (Class, Architecture, topology, homology) adı verilen ve protein katlanmalarının hiyerarşik sınıflandırılmasını kapsayan bir veritabanını oluşturmada kullanıldı. Mesela bu sitede elinizdeki 2 proteine ait domenleri girerseniz, yapısal benzerlikleri karşılaştırıp sonuç bildirir. Web sitesini kuranların, “Protein families and their evolution-a structural perspective” (Annu. Rev. Biochem, 2005, 74:867-900) başlıklı bir yayını var. Orada, bitmiş genom dizilerinin üçte ikisini kullanarak, 1400’e yakın domen ailesi çıkardıklarını, bunların 200’ünün tüm büyük sınıflarda ortak olduğunu -ki moleküler evrim açısından önemli-, bazılarının genom boyunca duplike olarak farklı domenlerle birleştiğini ve farklı multidomenli proteinlerin açığa çıktığını yazmışlardır. Sonuç olarak ortaya çıkan bu multidomen proteinler organizmaya spesifik olmakta ve protein ailelerinin ancak %15’inden azı tüm ailelerde ortak olmaktadır. Tamamlanmış genomlarda yapılan son analizlerde görüldü ki, bu domenlerin duplikasyonu ve fonksiyonlarının modifikasyonu, organizmanın fonksiyonel repertuarını artırmıştır ve artan karmaşıklığa katkı sağlamıştır.     

Combinatorial extension (CE): Burada protein yapıtaşları düzenlenerek açılım sağlanmaktadır.  Analiz edilen iki proteinin benzeyen kısa parçalarını lokal bir geometri kullanarak  daha büyük benzer parçaların kurulması yönünde düzenler. AA uzaklıkları, sekonder yapılar, biyokimyasal özellikler (hidrofobiklik gibi)  hesaba katılmaktadır. http://cl.sdsc.edu/ sitesinde proteinlerin 3 boyutlu yapısını ortaya çıkarmada aracı programlar ve veritabanı sunuluyor. Polipeptid zincirleri karşılaştırmalı olarak incelenebilir.

Advertisements